Berdasarkan Peraturan Menteri Agama No. 10 Tahun 2010 dan No. 13 Tahun 2012, Struktur Kantor Kementerian Agama Kota Yogyakarta sebagai berikut :
Struktur Organisasi Kantor Kementerian Agama Kota Yogyakarta
- Sub. Bagian Tata Usaha
- Humas dan Umum
- Kepegawaian
- Perencanaan dan Keuangan
- Seksi Pendidikan Madrasah
- Raudhatul Athfal
- Madrasah Ibtidaiyah
- Madrasah Tsanawiyah
- Madrasah Aliyah
- Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
- Madrasah Iniyah
- TKA/TPA
- Pondok Pesantren
- Seksi Pendidikan Agama Islam
- PAUD
- SD/SDLB
- SMP/SMPLB
- SMA/SMALB
- SMK
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umroh
- Haji dan Umroh
- Seksi Bimbingan Masyarakat Islam
- Kepenghuluan
- Pemberdayaan Kantor Urusan Agama (KUA)
- Keluarga Sakinah
- Kemasjidan
- Kepenyuluhan Agama Islam
- PHBI
- Penyelenggara Syariah
- Hisab Rukyah
- Produk Halal
- Kemitraan Umat
- Pemberdayaan Zakat
- Pemberdayaan Wakaf
- Mawaris
- Penyelenggara Katolik
- Pembinaan Keagamaan
- Kepenyuluhan Agama Katolik
- Pendidikan Agama Katolik
- Tempat Ibadah
- Kelompok Jabatan Fungsional
- Ka. Kankemenag: Drs. H. Nur Abadi, MA.
- Ka. Subbag Tata Usaha: H. Mukotip, S.Ag., M.Pd.I.
- Ka. Seksi Bimas Islam: Drs. H. Maskur Ashari, MA.
- Ka. Seksi Peny.Haji dan Umroh: H. Ahmad Mustafid, S.Ag., M.Hum.
- Ka. Seksi Dikmad: Dra. Uswatun Hasanah.
- Ka. Seksi PD Pontren: Drs. H Bambang Inanta.
- Ka. Seksi Pais: Drs. H. Kaharuddin Noor.rudin, MA, S.PdI
- Penyl. Syariah: Aminuddin, S.Ag, M.Si.
- Penyl. Bimas Katolik: Alexander Budisuwarno, S.Pd.