Berdasarkan Peraturan Menteri Agama No. 10 Tahun 2010 dan No. 13 Tahun 2012, Struktur Kantor Kementerian Agama Kota Yogyakarta sebagai berikut :

Struktur Organisasi Kantor Kementerian Agama Kota Yogyakarta

  1. Sub. Bagian Tata Usaha
    1. Humas dan Umum
    2. Kepegawaian
    3. Perencanaan dan Keuangan
  2. Seksi Pendidikan Madrasah
    1. Raudhatul Athfal
    2. Madrasah Ibtidaiyah
    3. Madrasah Tsanawiyah
    4. Madrasah Aliyah
  3. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
    1. Madrasah Iniyah
    2. TKA/TPA
    3. Pondok Pesantren
  4. Seksi Pendidikan Agama Islam
    1. PAUD
    2. SD/SDLB
    3. SMP/SMPLB
    4. SMA/SMALB
    5. SMK
  5. Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umroh
    1. Haji dan Umroh
  6. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam
    1. Kepenghuluan
    2. Pemberdayaan Kantor Urusan Agama (KUA)
    3. Keluarga Sakinah
    4. Kemasjidan
    5. Kepenyuluhan Agama Islam
    6. PHBI
  7. Penyelenggara Syariah
    1. Hisab Rukyah
    2. Produk Halal
    3. Kemitraan Umat
    4. Pemberdayaan Zakat
    5. Pemberdayaan Wakaf
    6. Mawaris
  8. Penyelenggara Katolik
    1. Pembinaan Keagamaan
    2. Kepenyuluhan Agama Katolik
    3. Pendidikan Agama Katolik
    4. Tempat Ibadah
  9. Kelompok Jabatan Fungsional
    1. Ka. Kankemenag: Drs. H. Nur Abadi, MA.
    2. Ka. Subbag Tata Usaha: H. Mukotip, S.Ag., M.Pd.I.
    3. Ka. Seksi Bimas Islam: Drs. H. Maskur Ashari, MA.
    4. Ka. Seksi Peny.Haji dan Umroh: H. Ahmad Mustafid, S.Ag., M.Hum.
    5. Ka. Seksi Dikmad: Dra. Uswatun Hasanah.
    6. Ka. Seksi PD Pontren: Drs. H Bambang Inanta.
    7. Ka. Seksi Pais: Drs. H. Kaharuddin Noor.rudin, MA, S.PdI
    8. Penyl. Syariah: Aminuddin, S.Ag, M.Si.
    9. Penyl. Bimas Katolik: Alexander Budisuwarno, S.Pd.